Reparan módulos, no el casco de la nave (para eso han sacado unos drones ahora en la 2.4).
Para usar la unidad de automantenimiento, tienes que irte al menú de la derecha (el del 4), al apartado Módulos, y al pinchar sobre uno te da dos opciones: "Activar/Desactivar" y "Reparar". Al darle a reparar el módulo se desactiva y la unidad de automantenimiento lo repara. Cuando acabe lo tienes que volver a activar tú a mano. Ojo porque cuando pones a reparar el Soporte vital, pasas a depender del oxígeno del traje, como cuando se rompe el cristal de la nave. Acuérdate de reactivarlo después.
Lo de llevar dos unidades de automantenimiento, es que no se pueden reparar a sí mismas, por tanto necesitas dos si quieres que se reparen la una a la otra. El núcleo de energía no se puede reparar, así que cuidado con los daños que sufra.