Pues algo muy raro pasa entonces, si te deja instalarlo y funciona en una máquina virtual entonces ya no es problema del disco, va a ser tema de windows, lo que no se es si el registro afectara en algo, puedes probar a limpiarlo como te dice Javirulo, pero me temo que esa no va a ser la causa porque el IL-2 funciona como un programa portable , así que yo también optaría por formatear .