Elimina el fs9.cfg y prueba a ver.O copialo en cualquier sitio por si despues no quieres volver a configurar los controles.
Tb puede ser por el vuelo de inicio q tengas , pero si dices que lo has reinstalado y te hace lo mismo dudo q sea, por si acaso el vuelo de inicio q hayas puesto lo abres con notepad y le cambias el avión .A mi me tiene pasado no arrancar por guardar un vuelo predeterminado con un determinado avion .
Si sigue sin funcionarte creas otra sesion de usuario, en xp quiero decir, e instalas el fs9 desde esa sesion,como administrador para q lo puedas volar desde la sesion anterior, tambien lo he tenido q hacer en el fsx por los problemillas del registro de los cohones