Buenas yo tengo un x52pro y recientemente lo he estado configurando para el A10C y tuve el problema de los alt,ctrl,win y shift. Lo mio fue un error tonto pero por si acaso te lo comento.
Al meter las combinaciones de tecla en el botón correspondiente lo hacia de una en una, me explico, si por ejemplo quería mapear RCtrl + n, yo pulsaba primero RCtrl soltaba y pulsaba n y soltaba. En el editor de perfiles me salia como control derecha y n, pero en el simulador no funcionaba. Si le das a probar comandos te sale que al apretar el botón del jostick primero se pulsa el RCtrl se suelta y luego se pulsa n y se suelta.
Resulta que el editor de perfiles reconoce no solo las teclas pulsadas sino como las pulsas. Solución pues al mapear las teclas pulsas RCtrl y sin soltar pulsas n. En el editor de perfiles te sale igual que en el caso anterior, control derecha y n, pero al probar los comandos ahora si que se pulsa primero RCtrl y después n sin que se suelte RCtrl.
Como ves lo mio fue un error tonto pero como te he dicho te lo comento por si las moscas.
Con controles avanzados se puede hacer lo mismo pero es mas engorroso.