Lo que tu pongas en el FMC de PMDG no lo sabe el ATC del simulador.
El ATC del simulador solo reconoce el plan de vuelo que hayas programado a través del propio simulador y teniendo en cuenta la ruta que aparezca en el mismo.
Ahora, no sé decirte como puedes hacer para que esta ruta coincida con la de tu FMC porque yo sólo vuelo online.
Mientras no consigas poner en el programador del simulador la misma ruta que en tu FMC pues las instrucciones del ATC no te van a coincidir con tu vuelo.
Otra cosa, en las capturas que has puesto, por las opciones que te está dando en la pantalla del ATC, tiene toda la pinta de que o no has programado ruta en el simulador o que la has puesto como VFR.
Un consejo, huye del ATC del simulador. Es bastante malo. Si puedes comprate uno de los que hay por ahi tipo radar contact o vuela online en IVAO/VATSIM.