Conseguí resolver el problema hace tiempo, y se me olvido postearlo, para la gente que tenga el mismo problema en un futuro dejo mi aportación sobre como solucionarlo, ya que parece que puede ser un tipo de bug.
Al principio se solucionaba abriendo una ventana de información justo encima de el cuadrado gris, después cerrabas la ventana de información encima del cuadrado, y dándole click derecho sobre este, ya podías cerrar la ventana.
Mas adelante y ya que cada vez que iniciaba el juego esa ventana seguía ahí, desinstale el IL2 de nuevo, pero esta vez, borre la carpeta C:\Users\Miguel\Documents\1C SoftClub.
Al instalar de nuevo el juego con la carpeta previamente borrada, todo volvió a la normalidad. Parece que desinstalando el juego esta carpeta no se borra ( en mi caso, y supongo que en el de los demás que hayáis tenido este problema pasa lo mismo )
Un saludo, y espero que le sirva esto a alguien en un futuro.