También hay que tener en cuenta las aerovías, por sus niveles de vuelo y algunas tienen sentido único. Yo utilizaba el Goodway y luego copiaba la ruta, aunque yo utilizaba la navegación por GPS en un modo bastante manual (App, salidas y aterrizajes de forma manual). Da buenos resultados, por lo menos a nivel de España, que es donde lo probé. El routefinder no va mal, pero el goodway tiene hasta mapa que puedes editar, y asi ves de una forma mucho más intuitiva la ruta y el perfil de vuelo.
Aunque no sea para FS, te aconsejo que le eches un vistazo. Era gratuito.
http://xpgoodway.com