El .acf es el archivo de configuración del propio avión, con la forma, peso, motores y todas esas tonterías que llevan los aviones
Es el que abres con el PlaneMaker para modificarlo, y ahí puedes cambiar el indicativo.
Pásate por x-plane.es que allí ya hay un hilo sobre esto.
EDIT - Por cierto, deberíais ver el trabajo que se está haciendo con todos los aeropuertos españoles. Merece la pena.