Para utilizar el Wiimote como TrackIr hay que esperar un poquito a que los de Freetrack saquen una nueva versión que lo soporte.
Para utilizarlo con el PC hay muchos programas, pero uno de los más utilizados, por facilidad y configuración, es el GlovePie. En este programa puedes escribir scripts para asignar las funciones del wiimote con acciones en el PC. Si no sabes programar, no problem, hay gente que se ha dedicado a programar scripts para que los puedas utilizar. De hecho hay scripts para la mayoría de juegos, sobretodo los shooters.
Si no consigues hacerlo funcionar dímelo e intentaré ayudarte, que yo he trabajado mucho con el mando y he escrito programas y librerias para el wiimote.
PD: Acabo de leer que GlovePie ya soporta el Trackir, es decir, hay un script para utilizarlo com tracking.